Desde su construcción en el siglo XVI ha sido remodelada en diversas ocasiones. En 1620 el ayuntamiento acuerda repararla y en 1623 colocó en ella un cuadro de la santa titular. En 1695 volvía a reedificarse con los bienes de la bula de San Sebastián.
Antes de ser destruida en la Guerra Civil de 1936, de la ermita contaba con dos capillas laterales, la del Evangelio, dedicada a Santa Lucía, y la de la Epístola a San Isidro, construida por Juan Cuenca en 1789.
En 1966 fue bendecida de nuevo después de ser reconstruída con la colaboración de la Cofradía del Santo Sepulcro y desde el Domingo de Resurrección de ese año está abierta al culto.
El interior ha sido remodelado en diversas ocasiones desde que se abrió al culto de nuevo y en el año 1987 se colocó una imagen de la titular Santa Quiteria para presidir el altar mayor.
