Iniciada a mediados del siglo XVI, la actual parroquia de Uceda, se construye para albergar la imagen de la Virgen de la Varga y a todos sus fieles, debido a que la antigua iglesia románica era pequeña para tanta multitud como venía al santuario, incluso de tierras distantes y que además se encontraba en muy mal estado. Fue el Cardenal Silíceo quien mandó la construcción del templo y determinó que se hiciese una magnífica y majestuosa iglesia.
El prelado encargó la obra a Juan del Pozo, maestro de cantería, vecino de Cogolludo, y a Diego Espinosa, maestro albañil, vecino de Alcalá de Henares. El estilo debía ser renacentista. La muerte del arzobispo Silíceo en 1557 provocó la suspensión de las obras, dejando incompleta la torre y el resto de la iglesia. Y no será hasta finales del siglo XVIII, que gracias al piadosos celo del vecindario y a la enérgica resolución de otro insigne arzobispo, Lorenzana, que hizo suprimir las dos parroquias que siempre tuvo la villa (San Juan y Santiago) y que accedió a continuar las obras de la iglesia quedando ésta como única parroquia, y pudiéndose así concluir las obras del templo.
Fue entonces cuando se erigió el pórtico del Sureste, dicho pórtico está precedido de un atrio cerrado, coronando los pilares del muro que delimitan la entrada del atrio, se encuentran dos bolas de piedra, ornamentación característica del estilo herreriano. Buena parte de los materiales empleados para la construcción del nuevo templo, fueron sacados de las antiguas construcciones, las marcas de cantero en algunos sillares así lo demuestran, como las losas sepulcrales que se han aprovechado para realizar los peldaños dela escalera de la torre.
