En un principio la Iglesia de La Toba era más pequeña. Constaba de 2 naves, la central y la nave norte (la más alejada de la puerta). La espadaña con dos vanos para las campanas y un ábside de planta cuadrada con tres potentes contrafuertes. La cubierta del ábside era a 4 aguas y la cubierta de las naves a 2 aguas, presentando un faldón mayor la parte que cubría la mitad de la nave central y la nave norte.
En el interior los soportes del peso de las cubiertas se solucionaban con el grosor de los muros y en la separación de las naves con pilares de piedra rematados con sencillos capiteles y arcos de medio punto (arcos formeros). El acceso al presbiterio se hacía a través de un arco triunfal, también de medio punto.
Con el paso del tiempo se fueron añadiendo más espacios al edificio. El orden de estos añadidos pudo ser el siguiente: 1º. Nave sur (donde está la puerta). 2º. Sacristía. 3º. Rotonda entre la espadaña y la nave norte (en este posible añadido se eliminó la segunda puerta que tenía la Iglesia para los no bautizados). 4º. Porche con tejadillo soportado con dos columnas en la puerta de acceso al Templo.
En el muro interior de la nave norte, durante la restauración del edificio, apareció una hornacina con pintura mural y rematada en una sencilla concha en arco de medio punto. También apareció en el pilar izquierdo del Arco Triunfal, la siguiente inscripción: "INRI PM". Por el tipo de letra utilizado se podría saber con más seguridad la época en la que se construyó el edificio original. Quizás de esa misma época sea la pila bautismal, de piedra caliza, hecha en dos piezas (el pie y la pila para el agua).
Durante el siglo XVI se acometieron importantes obras de ampliación, conservación de la estructura en las cubiertas y ornamentación. Es posible que estas obras las costeara D. Gregorio de Zumel, cuya sepultura fechada en 1557 se encuentra a los pies del altar mayor. Las importantes obras consistieron en:
1º. Ampliación del edificio en una tercera nave de similares dimensiones a la existente en el lado norte del edificio. En la fachada de esta tercera nave se incluyó el vano para la puerta de acceso y se remató en el alero de la cubierta con una preciosa galletilla en estilo mudéjar.
2º. Artesonados en madera de haya en la nave central y en la nueva nave sur. En la nave norte se mantuvo el primitivo armazón de maderas y ripias.
3º. La separación entre la nave norte y la nueva nave sur se resolvió, a imitación de la ya existente en el otro lado del edificio, con pilares, capiteles y arcos de medio punto (arcos formeros), pero se sustituyó el material de construcción de piedra en los antiguos por ladrillo macizo. La imitación fue perfecta y no se apreciaba la diferencia en el material de construcción, hasta que durante las obras de restauración, se eliminó el yeso que recubría todo el interior del templo.
4º. Coro enfrente del altar mayor. Para su realización tuvo que invadirse el espacio del primer par de arcos.
5º. En la cabecera de la nave norte se realizó una hermosa y bella hornacina en el más puro estilo Renacentista. El material que se empleo fue estuco.
6º. Cancela en madera tallada a la entrada de la Iglesia.
También del siglo XVI es la Cruz Procesional, magnífica pieza de plata, de la escuela de orfebres de Sigüenza. La cruz lleva la firma del orfebre seguntino Martín de Covarrubias.
A finales del siglo XVII, se empiezan a incorporar a la Iglesia los retablos que en la actualidad conocemos. Los tres que han llegado a nuestros días son de estilo Barroco, pero hay diferencias entre ellos:
-El retablo de San Roque (nave norte) es el más antiguo, pertenece al primer Barroco de finales del siglo XVII. La decoración, compuesta de hojas de vid y racimos de uvas, en sus cuatro columnas salomónicas, así lo demuestra.
- El retablo del Pilar (nave sur) es de principios del siglo XVIII, ya que, la decoración de sus columnas esta representando rosas e incorpora dos estípites a su estructura.
- El retablo Mayor presenta más dificultades a la hora de clasificarlo en una u otra corriente del Barroco típico de la Diócesis de Sigüenza. Alguna persona experta en el Barroco nos ha dado a entender que podía ser Barroco Centro Americano. Otra de las incógnitas de nuestro querido pueblo.Del siglo XIX sean quizás la cúpula del presbiterio y la construcción de la sacristía. Para la realización de ambas obras tuvieron que trastocar los elementos anteriores. La destrucción más dolorosa fue en el Retablo Mayor, ya que, en la fabricación de las pechinas, en que se soporta la cúpula, eliminaron los remates de los módulos laterales de dicho Retablo. En el acceso del presbiterio a la sacristía, sin embargo, instalaron un arco conopial del siglo XVI. En sus diferentes piezas presenta una numeración, tal y como se haría cuando se desmontara de un sitio, para luego facilitar el montaje en otro. Por tanto, no sería extraño deducir que el citado arco es una reutilización de otro edificio, quizás, ajeno a La Toba.Otras obras realizadas en la Iglesia en épocas indeterminadas son el tejadillo, que protege del agua de lluvia y del sol a la puerta de acceso de la Iglesia, aunque con ello se anuló el sencillo reloj de sol que hay en la entrada; y la rotonda existente entre el final del muro norte y la espadaña. La finalidad de esta rotonda, suponemos, sería para dar cabida al órgano que tuvo la iglesia, el cual fue destruido en la Guerra Civil.
