La primera sala se encuentra en la antigua Capilla de Ntra. Sra. de la Concepción, construida a principios del siglo XVI, con una portada plateresca, que fue Sala Capitular y Librería del Cabildo. En ella destacan, además de su portada plateresca cerrada por una reja labrada, un retablo de piedra caliza del siglo XVI y dos lienzos del XVII con la Inmaculada y San Pedro.
La segunda sala está en la Capilla de Ntra. Sra. de la Paz, antigua Sala Capitular de Verano, rodeada de un banco corrido desde el cual se seguían los actos de graduación de la Universidad Seguntina hasta el año de 1666. En ella se exponen varios tapices flamencos del siglo XVII regalados por el obispo Bravo de Salamanca. Destaca también su bello artesonado mudéjar.
También podemos observar algunos tapices flamencos en la tercera sala, la Antigua Fragua, que alberga además bellísimas tallas de los siglos XIII al XVIII: una Virgen gótica, San Mateo, La Piedad...
